• «Биотехнические системы и устройства» (19.05) 
• «Инженерное дело в медико-биологической практике» (19.06) 

   История организации факультета берет начало с 60х годов когда ректор МВТУ им.Н.Э.Баумана академик Г.А.Николаев и профессор В.И.Лощилов с коллективом единомышленников положили начало новому научному направлению - ультразвуковой технологии в хирургии и терапии 
   Тогда же началось активное и плодотворное сотрудничество ученых МГТУ и врачей по созданию медицинской аппаратуры и технологий для резки, разделения, соединения и обработки биологических тканей. Бурное развитие этого направления привело к созданию пионерских, с мировой новизной, принципиально новых медицинских технологий и аппаратов для хирургии, позволяющих существенно сократить травматичность хирургических вмешательств, повысить эффективность лечения, уменьшить сроки пребывания пациентов в стационарах. Проведенные междисциплинарные фундаментальные исследования в области биофизики, биомеханики, медицинской акустики были отмечены Государственными премиями СССР, медалями, а за исследования в области биомеханики костных тканей и динамики аортального клапанного комплекса сердца коллективы МГТУ им. Н.Э.Баумана и медиков получили два свидетельства на научные открытия.
   Проведенные в 70-80-е годы исследования электромеханических эффектов в биотканях тканях дали положили начало новому научному направлению: «Биоадекватной электромагнитной терапии и неинвазивной диагностики кровообращения», развитие которого привело к созданию поколения медицинских аппаратов и систем для лечения и диагностики широкого круга заболеваний.
   В 1978 году была открыта кафедра «Биомедицинские технические системы и устройства» (БМТ1), первым заведующим которой стал профессор, доктор технических наук, лауреат Государственной премии СССР В.И. Лощилов. На кафедре совместно с Московской медицинской академией была организована переподготовка инженеров и врачей по медицинской технике, а с 1983 года открыт набор на дневное и вечернее отделение студентов МГТУ им. Н.Э.Баумана. С 1988 г. кафедру возглавляет доктор технических наук, профессор, лауреат Государственной премии РСФСР В.П.Жаров, под руководством которого готовится пополнение инженеры-разработчики новой отечественной медицинской техники.
   Спустя 20 лет на основе достижений в научно-учебной деятельности, кадрового потенциалов кафедры и лаборатории «Неинвазивные лечебно-диагностические системы» была открыта кафедра - «Медико-технические и информационные технологии» (БМТ2), заведующим которой является профессор, доктор технических наук С.И.Щукин. Кафедра готовит студентов по специальности "Инженерное дело в медико-биологической практике".
   В том году в МГТУ создана кафедра «Валеология» (БМТ3) заведующей которой является профессор, доктор медицинских наук Г.И.Семикин. Кафедра для всех студентов Университета проводит занятия по курсу «Валеология», целью которого является развитие у студентов основ медицинских, психологических и экологических знаний. Кафедра также участвует в медико-биологической подготовке студентов специальностей факультета.